Pondok Pesantren Gadingmangu mempunyai struktur organisasi sebagai berikut :
- Dewan Kyai :
Merupakan badan tertinggi yang beranggotakan para Sesepuh Pondok Pesantren yang berwenang sebagai penentu kebijakan prinsipil Pondok Pesantren Gadingmangu yang beranggotakan 6 (enam) orang. - Dewan Guru :
Merupakan badan pelaksana kebijakan Dewan Kyai dalam bidang kontinuitas pendidikan.Badan ini beranggotakan para Guru / Ustadz Pondok Pesantren Gadingmangu. - Dewan Harian :
Merupakan dewan pelaksana harian yang membidangi administrasi, manajemen dan kegiatan sosial lainnya.Anggota Dewan Harian ini terdiri dari unsur Pimpinan, Sekretaris, bendahara dan Bagian-bagian.
Bagan Pengurus Ponpes Gadingmangu :
Pimpinan :
- KH. BASIYA ADHI BANADI
- KH. SOFYAN JAUHARI
Sekretaris :
- H. FITRIYANTO, S.Pd, M.Si
- H. AHMAD YULI RIAWAN
Bendahara :
- H. ABDURROHMAN AL FAUZI
Humas :
- Drs. TOTO RAHARJO
- H. MANISO
Pendidikan :
- H. DAWUD
- H. IBNU YAZID
Human Resource Development / Sumber Daya Manusia :
- Drs. H. BAMBANG WAHYUDI, M.Si
Sarana Prasarana :
- RUDI STU
- MIFTAHUL AMIN
Pemuda dan Olah Raga :
- H. WIDODO
- SUTRISNO
Wirausaha :
- Drs. H. BAMBANG WAHYUDI, M. Si
- Drs. WIDODO
Kesehatan :
- H. AMAL SUBAGIO
- H. MUHTAR
Logistik :
- H. ABDUL LATIF
- NGATIMAN